朱申龙 ^1* , 牛二利¹ , 王伟 ² , 施爱农 ³

1 浙江省农业科学院作物与核技术利用研究所, 杭州, 310021; 2 浙江省农业科学院农产品质量标准研究所, 杭州, 310021; 3 美国阿肯色大学园艺系, 费耶特维尔, AR 72701, 美国
作者    通讯作者
《分子植物育种》印刷版, 2020 年, 第 18 卷, 第 20 篇   
收稿日期: 2019年01月24日    接受日期: 2019年01月31日    发表日期: 2020年05月18日

这是一篇采用Creative Commons Attribution License进行授权的开放取阅论文。只要对本原作有恰当的引用，版权所有人允许和同意第三方无条件的使用与传播。

本研究基于前期对 57 份油橄榄种质资源的全基因组 GBS-SNP 分型结果开展核心 SNP 位点的筛选。统计分析 73 482 个 GPS-SNP 位点发现，有 68 030 个(92.58%) SNP 位点的检出率达到 100%，33 979 个(46.2%)位点的最小等位基因频率≥0.2，29 647 个(40.35%)位点的杂合率为 0，其中同时符合上述 3 个条件(检出率=100%, 最小等位基因频率≥0.2, 杂合率=0)的位点有 14 125 个(19.2%)，其位置覆盖全基因组，既分布于基因区也位于基因间区，与 73 482 个 SNP 位点的分布高度一致(R=0.997)，多态信息量平均为 0.43(0.33~0.67)。进一步以 14 125 个 SNP 位点信息为依据，计算 57 个油橄榄品种间的遗传距离，并与基于全部位点(73 482 个 SNPs)信息获得的对应品种间的遗传距离作比较，结果显示两者呈极显著的相关性(R=0.9)，表明这些 SNP 位点具有多态性好、代表性广、可靠性高的特点，可作为油橄榄的核心 SNP 位点，适用于油橄榄品种鉴定、种质评价、基因定位和分子辅助育种。本研究对核心 SNP 位点在油橄榄品种鉴定中的具体应用进行了探讨，并指出至少需要 11 个核心 SNP 位点组合才能实现对 57 个油橄榄品种的完全区分。
 

油橄榄(Olea europaea)；GBS-SNP；核心位点；品种鉴定